OS X Yosemite から El Capitanにアップグレードしたら、App Storeが表示されなかったり、メールが起動できなかったり、Safariがサイト閲覧でできなくなったり、さらにCPUが異常なほど高負荷になったりと、おかしな事象が起こりました。
で、いろいろサイト検索してみると、証明書周りの問題が一番あやしいとのこと。
ので、ここに解決方法の１つとしてあげておきます。
■解決方法
「キーチェーンアクセス」アプリを開いて、左側のメニューの「キーチェーン」から「ログイン」を選択した状態でリストに表示されている、証明書を躊躇なく全部削除してしまうことです。その後再起動してください。
３日間くらい悩まされましたが、最終的にはこの方法で解決しました。